Jau tālā pagātnē Naissāre ir bijusi par kuģu jūras signālu tiem, kas kuģoja pāri Somijas līcim uz Tallinu. 1788. gadā Naissāres ziemeļu un dienvidu daļās tika uzceltas pirmās koka bākas. Pašreizējais tornis tika pabeigts 1960. gadā.

Dzelzsbetona torņa, kas apakšā ir baltā un augšā ir sarkanā krāsā, augstums no tā pakājes ir 45 metri un gaismas augstums no jūras virsmas ir 48 metri. Vēl 2004. gadā Naissāres bākā, vienā no pēdējām, bija vēl komendants. Uz šodienu bākas apsarga amats ir kļuvis par vēsturi.