Hāpsalu Sv. Jāņa baznīca ir pilsētas baznīca, kas pārbūvēta no labības klēts, un pirmo reizi rakstveidā minēta 1513. gadā. Kopš 1524. gada baznīcā nepārtraukti darbojusies luterāņu draudze. Baznīcā ir Joahima Vintera (Joachim Winter) 1630. gadā veidotā akmens altāra siena, kas ir reti sastopama visā Ziemeļeiropā. Izcila ir arī tās centrālā tēma "Kristus Ģetzemanes dārzā", kas attēlota augstā reljefā. Altāra priekšā atrodas pirmā zināmā skolotāja Joahima Jēkaba (Joachim Jacob) ​​(1581-1587) kapa piemineklis. Baroka stila kancele ar kokgriezumiem ir datēta ar 1707. gadu. Baznīcas tornī skan divi zvani, no kuriem vecākais ir saglabājies no 1590. gada.