1200-luvulla rakennetussa Pyhän Nikolaoksen eli Nigulisten kirkossa sijaitseva museo on harvoja kirkkorakennuksessa toimivia museoita. Nauti kirkkotaiteesta sen historiallisessa kontekstissa: täällä on keskiaikaisia hautakiviä, ainutlaatuisia alttareita ja Tallinnan kuuluisin taideteos: fragmentti Bernt Notken Kuolemantanssi-maalauksesta. Yli viisisataa vuotta vanha maalaus kertoo keskiajan ihmisen maailmankuvasta, mutta on ajankohtainen nykyäänkin. Erittäin arvokkaita ovat Hopeakamariin näytteille asetetut hopeaesineet, jotka ovat kuuluneet seurakunnille, kauppiaiden killoille, käsityöläisten ammattikunnille ja Mustapäiden veljeskunnalle.

Kirkon torniin pääsee lasihissillä, ja skydeck-näköalatasanteelta avautuu 360 asteen näkymä vanhallekaupungille.