Kolmelta puolelta meren ympäröimä Haapsalu mahtuu 10,59 neliökilometrin kokoiselle maa-alueelle. Vanhakaupunki sijaitsee niemessä, jossa on kaksi harjannetta, ja jatkuu luoteessa mantereeseen yhdistyneenä luotojonona, saarekkeina. Saarekkeiden välissä on matalat vesialueet Suur ja Väike Viik (Suuri ja Pieni lahti).
Haapsalun miljööltään arvokas vanhakaupunki jakautuu keskiaikaiseen alueeseen ja 1900-luvun alun kylpyläalueeseen. Keskiaikaiseen osaan kuuluvat piispanlinnan alue sekä keskiaikainen Kooli-, Jaani-, Vee-, Linda-, Rüütli- ja Väike-Mere-katujen muodostama katuverkosto ja rakennukset. Sitä ympäröivät kylpyläelämän huippukaudelta peräisin olevien puupitsein koristeltujen talojen vyöhyke, Promenadi, Afrikan ranta ja puistot..